تفاوت باکتری های گروه کلیفرم به منظور تعیین ماهیت و شناسایی منشا آلودگی میکروبی آب دارای اهمیت است. حضور یا عدم حضور باکتری اشرشیاکلی (Ecoli) تعیین کننده تفاوت در باکتری های گروه کلیفرم می باشد. تعیین و تشخیص باکتری های گروه اشرشیا کلی بر اساس استاندارد به شماره روش 9221F و 9222G و 9223 قابل انجام و آنالیز می باشد. آزمون های تشخیصی با باکتری های گروه کلی فرم با استفاده از دانشی که تا بحال به آ دست یافته شده است ، تمام مراحل آن طبقه بندی شده است، به گروه کلیفرم اختصاص داده نمی شوند. لزوما بر اساس تعریف گروه کلیفرم، ممکن است لاکتوز را تحریک نکنند، یا اگر آنها انجام دهند و ممکن است گاز تولید نکنند.
گونه های غیر معمول باکتری های گروه کلی فرم (مانند باکتری E. coli غیر فعال)، که دارای جهش ها و موجودات مجروح باشند ، ممکن است نسبت به تست های معمول پاسخ های کلاسیک و رایج را ندهند. آزمون های رایج IMViC برای تعیین تفاوت باکتری های گروه کلیفرم مناسب هستند ، اما شناسایی کاملی توسط این تست ها اتفاق نمی افتد. آزمایش های بیوشیمی اضافی اغلب برای تکمیل نتایج آزمایش ها ضروری هستند. کیت های تجاری آنالیز های میکروبی مانند شکل بالا برای شناسایی در دسترس هستند و ممکن است به مقرون به صرفه باشند ولی جایگزین تست های رایج سنتی مانند روش های فیلتر غشایی یا روش آزمون بر روش MPN نیستند.
سیستم های خودکار شناسایی باکتری های گروه کلیفرم ، تعداد زیادی از جدایه ها نیز در دسترس هستند. اهمیت ارگانیسم های مختلف کولیفرم در آب یک موضوعی بوده است که همواره در حال مطالعه می باشند. چراکه به طور کلی کلیفرم ها به عنوان ارگانیسم های شاخص شناخته می شوند. جنس های Enterobacter، Klebsiella، Citrobacter، و Escherichia معمولا در اکثر موارد نشان داده شده است.
یک محیط کشت خالص برای شناسایی باکتری هاگروه کلیفرم و تفاوت باکتری های گروه کلیفرم لازم و ضروری است.محیط کشت دقیق را با دقت باروری شود. کلونی ها جمع آوری شوند و خوب جدا شوند تا اینکه واکنش های معمولی را در یک محیط جامد مناسب یا فیلتر غشایی، و بر روی یک صفحه آجری یا مواد مغذی تریپتیک مورد آنالیز قرار داده شود.
توزیع بهتر از کلنی های در زیر کشت وقتی به دست می آید که اگر بخشی از کلونی های برداشت شده در پپتون امولسیون شوند. باتلاقی یا نمک فیزیولوژیکی (0.85٪ w / v) و بعد از آن رگه دار می شود.
هنگام برداشتن کلونی ها از یک محیط کشت اولیه در یک محیط انتخابی، باید سلول های زنده، را منتقل نمود. انکوب کردن زیر کشت را در دمای 35 ± 0.5 درجه سانتیگراد ادامه داده شود تا برای 24 ساعت و تست یک کلنی به خوبی جدا شده توسط رنگ Gram برای تایید حضور تنها باکتری های گرم منفی، میله های غیر اسپور لازم است. باکتری های اکسیداز مثبت، گرم منفی، میله های غیر اسپور تشکیل می شوند نه باکتری کولیوبا. بلکه ممکن است ارگانیسم هایی مانند آئروموناس باشد که به عنوان یک ماده شاخص آلودگی مدفوع شناخته نمی شود.